Majlis Bersama Jabatan (MBJ) merupakan majlis yang dianggotai oleh wakil jabatan dan wakil pekerja yang mempunyai fungsi-fungsi yang telah ditetapkan.

Wakil pegawai diketuai oleh S.S Pengarah dan keahlian pihak pegawai terdiri daripada KPP (Khidmat Pengurusan), KPP (Pend. Islam) serta Penolong-penolong Pengarah dari Pentadbiran. Kewangan, Pembangunan, Pengurusan Teknologi Maklumat, dan Pengurusan Sumber Manusia yang dilantik berdasarkan atas nama jawatan masing-masing.

Manakala keahlian wakil pekerja terdiri daripada wakil setiap skim yang ada di jabatan diketuai oleh seorang yang dilantik sebagai Pengerusi wakil pekerja atau Naib Pengerusi MBJ jabatan yang diputuskan dalam mesyuarat. MBJ diurus setiakan oleh Unit Pengurusan Sumber Manusia, Bahagian Khidmat Pengurusan JAIS. Bermula tahun 2011, berlaku sedikit pindaan di mana keahlian wakil pekerja terdiri dari wakil setiap bahagian di JAIS dan wakil setiap gred di ibu pejabat dan Pejabat Agama Islam daerah-daerah.